hvordan man beregner primer annealingstemperatur

Primere , også kendt som " oligos , "er korte strenge af nukleotider kaldet oligonucleotider , der bruges som priming sekvenser i Polymerase Chain Reaktioner ( PCR ) . Primerne " base-pair " til enderne af den rækkefølge, du ønsker at kopiere , give 3'-ende vedhæftet sites for indgående nukleotider . En optimal annealingstemperatur er baseret på sammensætningen af primere og giver mulighed for særlige base-parring af oligos til din sekvens af interesse . Flere metoder kan bruges til at beregne optimale annealingstemperatur , eller Ta .

Du skal bruge:
Papir
. Blyant .
Regnemaskine .

For primere mindre end 14 baser i Længde


1 .
Tilføj antal guanines og cytosines i din primer sekvens , og derefter tilføje op antallet af adenines og thymines .
2 .
Multiplicer den samlede guanines plus cytosines af fire , og multiplicere samlede adenines plus thymines med to .
3 .

Læg de to totaler sammen til smeltetemperatur ( Tm ) på din primere , og derefter trække fem til optimal Ta . Således Ta=[ 4 ( GC ) + 2 ( AT ) ] -5 .

For primere større end 14 baser i Længde


1 .
Find det samlede antal guanines plus cytosines i din primer .
2 .

Sæt samlede guanines plus cytosines i formlen , som Promega : " Tm=64,9 grader C + 41 grader C x ( antal G 's og C 's i primer-16,4 ) /N , hvor N er længden af primeren . "
3 .
Træk fem fra denne alt for Ta . . Derfor Ta=[ 64,9 grader C + 41 grader C ( i alt G + C-16,4 ) /N ]-5
4
Brug simpleste formel i stedet : Ta=3 ( i alt guanines plus cytosines ) + 2 ( i alt adenines plus thymines ) .

gode råd og advarsler


  • Når du designer primere , brug om de samme GC sammensætning og antallet af nukleotider ( primer længde ) for både 5 ' og 3 « primere , således at den optimale annealing vikarer til begge er omtrent det samme .
  • Sammenligning ovennævnte formler vil give dig lidt forskellige resultater . Men de er tæt nok --- inden for to eller tre grader Celsius .
  • Sænkning af annealingstemperatur kan være nyttigt , hvis du leder efter et gen familie og uspecifik base-parring er faktisk ønsket.
  • For lav af en afkølingen temp ( Ta ) vil føre til uspecifikke base-parring , betyder, at din primere tillægger sekvenser andre end den, du ønsker . Selv fem grader for lav , kan være katastrofalt , hvis du har behov for særlig grunding .

  • Kommentarer

    Vi ønsker, at dine argumenter og meninger er velkomne. Være objektiv og medfølelse. Mange mennesker læser hvad du skriver. Gør debat til en bedre oplevelse for både dem og dig selv. Mellem 20:00 og 08:00 det er lukket for kommentering og vi fjerner automatisk kommentarer med sjofle ord, defineret af vores moderatorer.

    link:

    • Om os
    • Advertising
    • Fortæl redaktionen
    • Få nyhedsbreve
    • RSS-feed

    Redaktør: Karin Christofferse
    Nyheder redactor: Morten Nyberg

    Kundeservice: Stig Ole Salomon,
    Flemming Sørensen

    Tel: +45 00 99 99 00
    Fax: +45 00 99 99 01

    © Copyright 2014 Einsten.net - All rights reserved.