hvordan man kan visualisere 3D-struktur af proteiner eller andre molekyle i din krop

Hvorvidt i nyhederne eller i hverdagens samtaler om sundhed , hører vi en masse om mange proteiner og andre molekyler i vores krop , for eksempel , DNA , collagen , og hæmoglobin at nævne nogle få . Men medmindre du er en biolog , har du sandsynligvis ikke stoppe op og tænke meget mere om disse molekyler . For de nysgerrige , er der flere værktøjer, der giver dig mulighed for at visualisere den 3- dimensionelle struktur af mange molekyler i kroppen . Her er , hvad du skal gøre

Du skal bruge:
en computer


1
Brug Protopedia . .
Protopedia er et protein encyklopædi . Det er Wikipedia for proteiner . Med, er , kan du søge efter navnet på ethvert protein eller molekyle , du ønsker , og Protopedia vil give oplysninger , hvis den er tilgængelig , sammen med en 3D , drejelig billede af molekylet for dig . Protopedia bruger Jmol , et Java-baseret software til visning af molekylære struktur .
2 .
For andre proteiner eller molekyler , find FBF filen eller FBF ID-nummer .

For nogen proteiner eller molekyler ikke i Protopedia , er du nødt til at gøre en lille benarbejde . 3D billeder er skabt ved hjælp af en " FBF fil " , som indeholder holdninger til alle de atomer , der udgør en given molekyle . Hvert FBF fil har en 4 -cifret id forbundet med det . PDBs er en standard for forskere. Du kan finde FBF filer til utallige molekyler på Protein Data Bank . Når du har fundet proteinet eller molekyle du leder efter , downloade sit FBF fil eller registrere sit FBF ID . Der er to muligheder for at se det .
3 .
Brug web -baseret software som Jmol .
Husk Jmol program, der Protopedia bruger ? Nå , vil nogle hjemmesider kan du bruge det til noget protein eller molekyle du har lyst , hvis du har det foreløbige budgetforslag ID . Prøv nedenstående websted. Indtast i 2GBL . Denne skønhed er et protein , der bruges i vores døgnrytmen ure , det er rytmisk syntetiseret og opdelt i 24-timers bølger , som giver kroppens naturlige følelse af tid i sync med dag og nat
http://. molvis. sdsc. edu /fgij /index. htm
4 .
Download visualiseringssoftware .
For de mere eventyrlystne , kan du downloade nogle gratis software til at se og manipulere FBF -filer af dine foretrukne proteiner dig selv. Der er flere software- pakker , der vil loade FBF filer som Jmol gør , men de giver brugeren mere kontrol over , hvordan at visualisere protein og endda tillade beregninger , der skal udføres . Nogle af de bedste er VMD , Chimera , og PyMOL . De tager lidt tid at vænne sig til, men tillade stor fleksibilitet og kontrol for forskerne derude .

gode råd og advarsler


  • Tænk på andre proteiner , du har hørt om og visualisere disse.

  • Kommentarer

    Vi ønsker, at dine argumenter og meninger er velkomne. Være objektiv og medfølelse. Mange mennesker læser hvad du skriver. Gør debat til en bedre oplevelse for både dem og dig selv. Mellem 20:00 og 08:00 det er lukket for kommentering og vi fjerner automatisk kommentarer med sjofle ord, defineret af vores moderatorer.

    link:

    • Om os
    • Advertising
    • Fortæl redaktionen
    • Få nyhedsbreve
    • RSS-feed

    Redaktør: Karin Christofferse
    Nyheder redactor: Morten Nyberg

    Kundeservice: Stig Ole Salomon,
    Flemming Sørensen

    Tel: +45 00 99 99 00
    Fax: +45 00 99 99 01

    © Copyright 2014 Einsten.net - All rights reserved.