hvordan man forbereder en molekylær elektrostatisk kort til et molekyle

Molekylær elektrostatiske potentiale kort ( MEPMaps ) viser fordelingen af gebyrer hen over overfladen af et molekyle . Elektrostatisk potentiale er afgørende for forståelsen af komplekse biologiske processer som proteinfoldning . Molekylær modellering grafik software tager molekylorbital ( MO ) oplysninger fra programmer som GAMESS at skabe 2D-og 3D molekylære elektrostatiske potentiale kort til molekyler

Du skal bruge: .
GAMESS software eller lignende input file2D eller 3D grafik molekylær modellering software som MacMolPlotComputer understøttende software .

Hent og installer MacMolPlot Molekylær modellering software


1 .
Hent den rigtige version af MacMolPlot fra linket i Resources , nedenfor .

2 .
Kør Windows Installer til MacMolPlot eller følg installationsvejledningen for forskellige operativsystemer.
3 .
Åben MacMolPlot fra " Programmer " menuen .

Input molekylet i MacMolPlot


1 .
Input molekylet. MacMolPlot brugervejledningen viser de følgende understøttede input tilstande :
MolPlt , kartesiske koordinater , input , log , og IRC filer fra GAMESS
Gaussisk logfiler
Xmol stil XYZ filer
MolDen format filer
Protein Data Bank ( FBF ) filer
Kemiske Markup Language ( CML ) filer
2 .
Importer en understøttet molekyle fil ved at vælge " Importer " under "File" -fane.
3 .
Drej molekyle som nødvendigt og samtidig bygge ved at vælge "Se " værktøj . Klikke og trække molekylet vil få det til at rotere .

Forberedelse en 2D Molekylær Elektrostatisk kort ved hjælp af MacMolPlot


1 .
Vælg " Surfaces " fra " delvindue " menuen fane.
2 .
Vælg " General 2D fra fil . "
3 .
Vælg den fil, der indeholder den molekylære data .

4 .
Vælg den molekylære obital datasæt til brug for molekylær elektrostatiske potentiale beregninger , som egenvektorer eller MCSCF naturlige orbitaler .
5 .
Angiv det maksimale antal konturer til at vise mellem 0 og den maksimale kontur værdi .
6 .
Indstil den maksimale kontur værdi , begrænse visningen af høje værdier i nærheden af atom kerner .
7 .
Indstil displayet til QuickDraw3D på en Mac til at fastsætte MEPMap til molekyle (det vil rotere med molekyle ) .
Alternativt skal du vælge " Brug Plane af Screen " og " Vis Plotte Plan ". Dette giver brugerne mulighed for at fastsætte flyet for at planlægge , hovedsagelig afslører en skive af den molekylære elektrostatiske potentiale kort . Den MEPMap vil genberegne når at dreje molekylet .
8 .
Vælg farver til at repræsentere positive og negative ladninger . Rød er traditionelle for positive udgifter , blå er standard for negative ladninger
9
Vælg " Opdater " for at plotte den MEPMap . . De data kan eksporteres til videre analyser såsom massefylde forskelle . Brugere kan klippe og indsætte MEPmap billede i et tekstbehandlingsprogram ved at bruge menuen "Rediger" kommandoer . MacMolPlot understøtter også udskrivning .

Forberedelse en 3D Molekylær Elektrostatisk kort ved hjælp af MacMolPlot


1 .
Vælg " Surfaces " fra " delvindue " -fane.
2 .
Vælg " General 3D fra fil . "
3 .

Vælg den fil, der indeholder den molekylære data .
4 .
Vælg den molekylære orbital datasæt til brug for molekylær elektrostatiske potentiale beregninger , som egenvektorer eller MCSCF naturlige orbitaler . Der er lignende muligheder i 3D modellen som 2D model , med tilføjelse af at vælge en fast eller wireframe udseende .
5 .
Vælg " Free Mem " til gratis computer hukommelse efter beregning af 3D molekylære elektrostatiske potentiale kort . Der er lignende eksport og udskrive muligheder i 3D molekylære elektrostatiske potentiale model .
6 .
Der er lignende eksport og udskrive muligheder i 3D molekylære elektrostatiske potentiale model .

Tips og advarsler


  • MacMolPlot findes i MacOS , Linux og Windows -versioner . MacMolPlot er gratis , men brugerne bliver bedt om at udfylde en undersøgelse for program forbedringer .
  • Selvom brugerne kan bygge molekyler i MacMolPlot , den deraf følgende modeller mangler væsentlige orbital oplysninger til plot 2D-og 3D molekylære elektrostatisk potentiale kort . Sikre, at importeret molekyle filformatet indeholder egenvektorer , MCSCF naturlige orbitaler eller bølgefunktionen data . Efter at have bygget et molekyle i GAMESS eller Chem3D , der udfører GAMESS optimering beregningerne for bølgefunktionen vil tage alt fra 40 minutter til 2 eller 3 dage, afhængigt af kompleksiteten af molekylet og den valgte atomare orbital grundlag sæt . Dette skal være afsluttet , før du importerer til MacMolPlot for molekylær elektrostatiske potentiale kortlægning . Planlægge .

  • Kommentarer

    Vi ønsker, at dine argumenter og meninger er velkomne. Være objektiv og medfølelse. Mange mennesker læser hvad du skriver. Gør debat til en bedre oplevelse for både dem og dig selv. Mellem 20:00 og 08:00 det er lukket for kommentering og vi fjerner automatisk kommentarer med sjofle ord, defineret af vores moderatorer.

    link:

    • Om os
    • Advertising
    • Fortæl redaktionen
    • Få nyhedsbreve
    • RSS-feed

    Redaktør: Karin Christofferse
    Nyheder redactor: Morten Nyberg

    Kundeservice: Stig Ole Salomon,
    Flemming Sørensen

    Tel: +45 00 99 99 00
    Fax: +45 00 99 99 01

    © Copyright 2014 Einsten.net - All rights reserved.