regler for primer design

Siden opdagelsen af Kary Mullis i 1983 , har PCR ( polymerase chain reaction ) blevet en standard procedure udført i laboratorier rundt om i verden . PCR kan forstærke en enkelt streng af DNA i milliarder af tråde på bare et par timer . Reaktionen kræver template DNA , deoxyriboneukleotider ( dNTPs ) , DNA -polymerase , og to primere --- en at duplikere DNA i ' forstand " retning og en til at duplikere DNA i anti -sense retning . For de bedste resultater , bør disse retningslinjer anvendes i forbindelse med primer designe software .

PCR

DNA eksisterer som to heliske kæder bestående af en sukker og fosfat rygraden og deoxyriboneukleotider : adenin ( A ) , thiamin ( T ) , cytosin ( C ) og guanin ( G ) . De to DNA-strenge er komplementære til hinanden . Det vil sige, at A på en streng vil parre med en T på den anden streng , C og G pair op på samme måde . De 5 'til 3 ' retning af strengene er også supplerer hinanden. På grund af dette supplement , sker DNA-replikation i en semi-konservativ måde .

I PCR , indebærer det en forbedring af temperatur, således at den dobbelte DNA kommer fra hinanden , eller denaturerer , i én tråde . Med de relativt store , klodsede supplerende indsatsområde ud af den måde , kan en kort supplerende sekvens anneal . Denne korte sekvens er en primer .

Når glødede, DNA -polymerase kan begynde at tilføje nukleotider monomerer ( dNTP 's ) til den 3 ' ende af primer . Dette er den »udvidelse« fase . Efter forlængelse , er DNA denatureres og cyklen begynder igen .

Target DNA

Det første skridt i at designe primere er at identificere en bestemt sekvens i genet af interesse ( GOI ) til forstærkning . Dette er benævnt » mål . ' Det er vigtigt, at DNA-sekvens for målet er helt unik i forhold til resten af organismen genetiske kode. Ideelt set vil målsekvens være alt fra 100 til 500 basepar langt, afhængigt af, hvilken type analyse forskeren ønsker at gennemføre . Primerne selv behøver kun at være 18 til 25 basepar lang . Fragmentet af DNA genereret af primere i en PCR kaldes en amplikonet . Den amplikonstørrelse kan bestemmes ved at fratrække forskellen i basepar mellem startposition forstand primer og slutpositionen af anti -sense primer .

finde primer sekvenser

Start på 5 ' ende af målsekvens , finde en DNA-streng, ca 18 til 24 basepar lang . For bedste reaktion effektivitet , bør den valgte sekvens være fri for nukleotider , at gentage eller køre på . Når denne sekvens er identificeret , skrive det ned i 5 'til 3 ' retning . Dernæst skriver de breve til de baser , som supplerer den valgte sekvens . Den nyligt afledte sekvens er anti -sense primer .

På den 3 ' ende af sekvensen , identificere en anden strækning af 18-24 nukleotider , der opfylder de samme kriterier . Skriv denne sekvens under hensyntagen til den retning er nu 3 ' til 5 ' . Igen , skrive bogstaverne for den supplerende baser . Denne sekvens er den forstand primer .

For både fornuft og anti-fornuft grundere , omfatter 3 Gs og /eller Cs inden for de sidste fem basepar af den 3 ' ende . Også være sikker på , at primere ikke supplerer hinanden . Endelig skal du huske at tjekke for det potentiale, " haripin "dannelse , der skyldes en primer slås op og base binding til sig selv .


Kommentarer

Vi ønsker, at dine argumenter og meninger er velkomne. Være objektiv og medfølelse. Mange mennesker læser hvad du skriver. Gør debat til en bedre oplevelse for både dem og dig selv. Mellem 20:00 og 08:00 det er lukket for kommentering og vi fjerner automatisk kommentarer med sjofle ord, defineret af vores moderatorer.

link:

  • Om os
  • Advertising
  • Fortæl redaktionen
  • Få nyhedsbreve
  • RSS-feed

Redaktør: Karin Christofferse
Nyheder redactor: Morten Nyberg

Kundeservice: Stig Ole Salomon,
Flemming Sørensen

Tel: +45 00 99 99 00
Fax: +45 00 99 99 01

© Copyright 2014 Einsten.net - All rights reserved.